Finance & ACI
16 Avr 2026 6 min

Taxe sur les salaires en SISA : la ligne que personne n’avait vue venir

Vous avez budgété le salaire de votre future coordinatrice, les charges patronales, la mutuelle. Une ligne manque presque toujours : la taxe sur les salaires. Voici pourquoi, et comment la prévoir.

Adeline Denis
Adeline Denis
Masseuse Kinésithérapeute, Gérante MSP et cofondatrice SisaFlow

Version de référence

Ce billet est daté : il garde l’angle et le ton du jour où il a été écrit. La version maintenue à jour, écrite sur sources primaires et portant sa date de vérification, vit dans l’Académie SisaFlow — c’est elle qui fait foi.

Lire la leçon « Fiscalité de la SISA : IR, TVA, rémunérations »

Fin février, le téléphone. Notre comptable, la voix de quelqu’un qui a déjà eu cette conversation cent fois : « Il va falloir prévoir la taxe sur les salaires sur l’exercice de la coordinatrice. » Silence dans le bureau — on avait budgété le brut, les charges patronales, la mutuelle. Pas ces quatre mots-là.

Pourquoi cette ligne échappe à (presque) tout le monde

Ce n’est pas une erreur de notre comptable, ni un oubli de notre part. C’est un mécanisme fiscal précis, qui se déclenche exactement au moment où une SISA cesse d’être seulement des associés qui se répartissent un résultat, pour devenir en plus un employeur qui verse un salaire. Une bascule que presque personne ne voit venir, parce qu’elle ne ressemble à rien de connu.

À la réunion où l’on décide d’embaucher, on liste consciencieusement le salaire brut, les charges patronales, la mutuelle d’entreprise, parfois les tickets restaurant — tout ce qui figure sur une fiche de paie ou juste à côté. La taxe sur les salaires, elle, ne figure nulle part sur un bulletin. Elle vit ailleurs, dans la comptabilité de la structure. C’est précisément pour ça qu’elle se glisse hors du champ de vision.

  Charges patronales Taxe sur les salaires
Perçue parl’Urssafla direction générale des finances publiques
Elle dépend dechaque rémunération verséela part de l’activité de la structure non soumise à la TVA
Elle apparaîtsur le bulletin de paienulle part sur le bulletin — une ligne à part, côté comptabilité

Le mécanisme, sans le jargon

Le principe tient en une phrase : un employeur qui ne facture pas de TVA — ou qui n’en facture que sur une petite partie de son activité — doit la taxe sur les salaires sur les rémunérations qu’il verse. Ce sont les soins qui sont exonérés de TVA, pas les structures qui les organisent. Mais pour une SISA, le résultat revient au même : l’essentiel de ce qu’elle encaisse, à commencer par l’ACI, n’entre pas dans le champ de la TVA.

La bascule se fait sur un seuil, posé par l’article 231 du code général des impôts. En dessous de 90 % de chiffre d’affaires soumis à la TVA sur l’année précédente, la taxe s’applique — en totalité si la structure n’est assujettie à la TVA sur rien du tout, sur une fraction seulement si elle l’est en partie. Une SISA franchit rarement ce seuil de 90 %. C’est ce qui la fait basculer dans le champ de cette taxe dès qu’elle emploie quelqu’un.

Un abattement existe pour certains employeurs — associations loi 1901, fondations reconnues d’utilité publique, mutuelles. Une société comme la SISA n’en fait pas partie ; votre expert-comptable vous le confirmera si la question se pose en assemblée.

Un barème à ne pas recopier

Le taux appliqué progresse par tranches selon le niveau de chaque rémunération, et ce barème est révisé chaque année. Un chiffre lu dans un article l’an dernier — ou même dans celui-ci l’an prochain — n’est déjà plus fiable pour votre budget. Le bon réflexe : demander le chiffrage à jour à votre expert-comptable, pas le recalculer soi-même.

Ce que ça représente, en ordre de grandeur

Personne ici ne va vous donner un pourcentage tout nu. Il dépendrait de votre rapport d’assujettissement exact, du niveau de la rémunération versée, et d’un barème revalorisé chaque année. Ce serait vous donner un chiffre faux avec une bonne conscience — et sur ce sujet, un chiffre faux coûte plus cher qu’aucun chiffre du tout. Ce qu’on peut vous donner, en revanche, c’est un ordre de grandeur. Assez pour savoir que le sujet mérite une ligne dans le tableur, pas une case en bas de page.

Ordre de grandeur

Sur un poste de coordination à mi-temps, comptez une ligne supplémentaire non négligeable dans votre budget annuel. Ce n’est ni anodin, ni dramatique : c’est un coût d’employeur supplémentaire, au même titre que la mutuelle ou la médecine du travail. Votre comptable la chiffre en cinq minutes, dès qu’il connaît le salaire envisagé.

Comment l’intégrer au budget dès la décision d’embaucher

La bonne nouvelle, dans tout ça : une fois qu’on sait que la ligne existe, elle se prévoit très simplement. Voici comment on s’y prend, chez nous, depuis notre coup de fil de février.

1
En parler dès la réunion de recrutement

Au même titre que le salaire brut et les charges patronales, la taxe sur les salaires se met sur la table le jour où l’équipe discute d’une embauche — pas après la signature du contrat.

2
Demander un chiffrage écrit à l’expert-comptable

Avec le montant de salaire envisagé et le temps de travail, il établit une estimation en quelques minutes. C’est ce chiffre-là qui va dans le budget, pas une moyenne trouvée en ligne.

3
Provisionner une ligne dédiée

Dans le budget annuel ou l’enveloppe RH, à côté du salaire chargé — pas fondue dedans, pour garder d’une année sur l’autre une vue claire de ce que coûte vraiment un poste.

4
Revoir l’estimation chaque année

Le barème évolue, et le rapport d’assujettissement à la TVA de la structure peut changer si son activité change. Une estimation vieille de trois ans ne vaut plus grand-chose.

5
En parler à l’assemblée qui approuve les comptes

Les associés qui découvrent la ligne dans le bilan la comprennent moins bien que ceux à qui elle a été présentée en amont, budget en main.

Chez nous, la ligne est dans le tableur depuis le recrutement suivant. La vraie différence avec avant : le téléphone ne sonne plus en février pour nous l’apprendre. Il sonne pour nous donner le chiffre qu’on attendait.

Pour aller plus loin

La taxe sur les salaires n’est qu’une pièce du sujet « premier recrutement » : contrat de travail, convention collective, obligations d’employeur qui commencent avant la première fiche de paie. L’Académie SisaFlow reprend ce parcours dans l’ordre, avec ses sources.

Lire la leçon « Employeur en MSP : ce que ça implique »

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